这一天，手里剑战队忍忍者的各位收到一封不同寻常的邀请函，邀请函来自“梦之忍者大陆”，他们将有望和传说中的忍者会面。怀着激动的心情，伊贺崎天晴（西川俊介饰）和伙伴出发了。然而他们所乘坐的居然是一列妖怪列车，原来这一切都是妖怪制造的幻觉，无畏的英雄们陷入前所未有的大危机之中。危急关头，他们得到了一直与恶势力作斗争的烈车战队特急者的救助。从特急者口中得知，所谓“梦之忍者大陆”实际上是“黑暗忍者大陆”，邪恶的暗黑博士企图靠这个幌子将正义战士们一网打尽。危机降临，英雄们面临前所未有的挑战……