1993年到2000年制作的OVA系列相隔11年的新作，为出崎BJ(BlackJack)的完结编。本作中的“到来的回忆”是为数众多的BJ章节中最重要的皮诺可出生的章节的首次动画化。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。科学vs武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！冲出世界解开石化之
本剧改编自同名漫画，讲述了织田照朝小时候母亲意外去世，与经营日本屈指可数的综合商社·织田集团的父亲一起生活，不过，父亲把被称为“恶魔之钥”的旧钥匙托付给照朝之后不久，在眼前被神秘人杀害了。为了探寻与父亲的死亡真相有关的“恶魔之钥”的秘密，照朝在世界流浪，不过，接二连三谜之财产转让事件发生，他因此回到了日本。随之，瞄准“恶魔之钥”的人物出现在照朝面前，而他必须挑战“恶魔游戏”...
C.E.75，战斗还在持续着。来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。
,OVA完結後の、2006年10月1日に東京・秋葉原のアキバ3Dシアター他で前作とカップリング上映された。1作目ははオリジナルキャストで5.1chサラウンド新録音したサウンドリプライズ版、2作目は新作カットを含めた再編集版。
赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次挥动双枪，保护大家。而世界的英雄，克劳德，能否再次振作，守护这个世界呢？
E.U.联盟和布里塔利亚帝国的战争仍未迎来终结的时刻，而此时双方内部则悄然发生这足以引起严重连锁反应的巨变。张扬跋扈、不可一世的朱利叶斯•金斯利（福山润 配音）在枢木朱雀（樱井孝宏 配音）的陪同下取得了前线指挥权，凌驾于布列塔尼亚帝国所有权贵重臣之上。在纷纷扰扰的权力斗争中，圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）躲在暗处，相机而动。对手一方，名为“方舟船队”的革命组织扬言发动恐怖袭击，从而在E.U.控制下的巴黎引发暴乱，军方的反对派势力则趁机蠢蠢欲动。此前空降到华沙的阿基德（入野自由 配音
革命历228年，冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德（入野自由 配音）迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）的决斗。成濑幸也（松冈祯丞 配音）制造的炸弹虽然摧毁了帝国1/3的战斗力，但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊，获胜希望渺茫。关键时刻，骑士团下的阿修罗队队长阿修雷・阿修罗（寺岛拓笃 配音）临阵倒戈，加入阿基德他们一方。决战前夕，阿基德剪下自己的一撮头发，交到蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）的手中。 历经战火的洗礼，
E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过
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