1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子 饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二 饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美 饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸 饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬 饰)就任新首相。同时,茜被
一艘隶属美国的核潜艇在关岛附近消失,后经日本方面证实该潜艇已因事故遇难,而防卫军在调查过程中竟然还在海底发现巨大生物的存在。与此同时,新泻妙高山、鹿儿岛池田湖、小笠原诸岛等地接连发生强烈的地震和人员伤亡事件,关于50年前那头大闹日本的哥斯拉的恐怖记忆相继在人们的脑中复苏。 BS电视台女记者立花由里(新山千春 饰)近期正与同事调查接二连三的怪兽事件,从一个神秘老人的口中得知,所谓哥斯拉其实是太平洋战争中丧生的人们的冤魂聚集而成的怪兽,核潜艇事故引起的核泄漏似乎意外将哥斯拉唤醒。与它一同苏醒的还有被